Newsletter September 2024 (Nr. 35)

NFDI News

GHGA tritt dem GH4GA National Initiatives Forum bei

GHGA ist nun offiziell Teil des National Initiatives Forum (NIF) der Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH). Das Forum bildet eine internationale Gemeinschaft von Genominitiativen, die sich der Förderung der menschlichen Gesundheit durch Zusammenarbeit und Wissensaustausch widmen. Lesen Sie mehr hier.

GHGA becomes member of the GA4GH National Initiatives Forum

GHGA has officially joined the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) National Initiatives Forum (NIF), a global community of genomics initiatives dedicated to advancing human health through collaboration and knowledge exchange. Read more here.

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Sechs neue Use Cases bei FAIRagro

Es ist soweit: im FAIRagro Konsortium sind sechs neue Use Cases – und damit auch neue Participants – an Bord, die zwischen Herbst 2024 und Frühjahr 2025 starten und neben den sechs vorhandenen Use Cases dazu beitragen,  weiterhin Fortschritte in der Entwicklung von Dateninfrastrukturen und Services zu erzielen, die den Bedürfnissen der FAIRagro-Community gerecht werden.

Unterstützt wurde FAIRagro bei der Evaluierung und Auswahl der Einreichungen durch das FAIRagro Community Advisory Board (CAB), dessen Mitglieder und ihre internationale Expertise eine wertvolle Hilfe gewesen sind.

Ausgewählt als zweijähriges Use Case Projekt wurde der Showcase „Next-Generation Environmental and extended Tools for Extreme Events & Plant Resilience Assessment“. Das Projekt wurde vom Leibniz-Zentrum für Agrarlandschaftsforschung (ZALF) in Zusammenarbeit mit der Technischen Universität München (TUM), dem Deutschen Wetterdienst (DWD) sowie der TU Dresden und dem Deutschen Klimarechenzentrum als weitere assoziierte Partner entwickelt. Es wurde im Rahmen des Konsortiums NFDI4Earth eingereicht. Im Sinne der fachübergreifenden Konsolidierung der NFDI-Konsortien wird hier erstmals exemplarisch die bereichsübergreifende Datenbereitstellung für konkrete Anwendungen der Modellierung gezeigt.

Alle Informationen zu diesem und den weiteren fünf neuen Use Cases gibt es auf der FAIRagro Website.

Six new use cases at FAIRagro

The time has come: six new use cases – and thus also new participants – are on board in the FAIRagro consortium. They will start between fall 2024 and spring 2025 and, in addition to the six existing use cases, will contribute to further progress in the development of data infrastructures and services that meet the needs of the FAIRagro community.

In the evaluation and selection of submissions FAIRagro was supported by the FAIRagro Community Advisory Board (CAB), whose members and their international expertise have been a valuable asset.

The use case “Next-Generation Environmental and extended Tools for Extreme Events & Plant Resilience Assessment” was selected as a two-year use case project. The project was developed by the Leibniz-Zentrum für Agrarlandschaftsforschung (ZALF) in collaboration with the Technical University of Munich (TUM), Deutscher Wetterdienst (DWD), TU Dresden and Deutsches Klimarechenzentrum as additional associated partners. It was submitted as part of the NFDI4Earth consortium. In line with the interdisciplinary consolidation of the NFDI consortia, this is the first example of cross-sectoral data provision for specific modeling applications.

All information on this and the other five new use cases can be found on the FAIRagro website.

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NFDI4Earth stärkt Zusammenarbeit mit re3data durch Memorandum of Understanding (MoU)

Nach produktiven Diskussionen und Kooperationen in den letzten Jahren hat NFDI4Earth eine Absichtserklärung mit dem Registry of Research Repositories (re3data) unterzeichnet.

Durch die Bereitstellung eines nachhaltigen Dienstes für kuratierte Repositorieninformationen spielt re3data eine wesentliche Rolle für NFDI4Earth. Im Rahmen von NFDI4Earth wurde eine umfassende Landschaftsanalyse der Repositorien für Erdsystemwissenschaften (ESS (Earth System Sciences)) durchgeführt. Das Konsortium nutzte dies als ersten Schritt, um mit nationalen Repository-Anbietern in Kontakt zu treten, um re3data-Datensätze zu erstellen, zu aktualisieren oder zu verbessern.

Auf der Grundlage der Ergebnisse zur Verbesserung des von NFDI4Earth entwickelten Knowledge Hub-Dienstes haben wir eine Pipeline implementiert, die regelmäßig re3data sammelt. Die folgenden Schritte umfassen Diskussionen über spezifische ESS-Anforderungen an Repository-Informationen und deren Relevanz für die multidisziplinäre re3data-Gemeinschaft.

Beide Initiativen kamen überein, bei der Entwicklung von Metadatenschemata zusammenzuarbeiten, die den Anforderungen der Geowissenschaftsgemeinschaft entsprechen, und gemeinsam Metadaten für geowissenschaftliche Repositorien zu aktualisieren und zu pflegen.

NFDI4Earth strengthens cooperation with re3data through Memorandum of Understanding (MoU)

Following fruitful discussions and collaborations over the last few years, NFDI4Earth signed an MoU with the registry of research repositories (re3data).

By providing a sustainable service for curated repository information, re3data plays an essential role in NFDI4Earth. NFDI4Earth investigated a comprehensive landscape analysis of Earth System Sciences (ESS) repositories. The consortium used this as an initial step to engage with national repository providers to create, update, or improve their re3data records, receiving close support from the re3data team and sharpening the general update strategy with re3data.

Taking the results to improve the NFDI4Earth-developed Knowledge Hub service, NFDI4Earth implemented a pipeline that regularly harvests re3data. The following steps include discussions on specific ESS requirements on repository information and their relevance for the multidisciplinary re3data community.

Both initiatives agreed to collaborate on developing metadata schemas that meet the Earth System Sciences community’s requirements and join forces in updating and maintaining metadata for Earth System Sciences repositories.

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Absichtserklärung zwischen der ESCAPE Open Collaboration und dem PUNCH4NFDI-Konsortium

Zwischen der ESCAPE Open Collaboration und dem PUNCH4NFDI-Konsortium wurde eine Absichtserklärung unterzeichnet. Diese wichtige Vereinbarung stellt einen bedeutenden Fortschritt in unserer gemeinsamen Aufgabe dar, das wissenschaftliche Datenmanagement und die offene Wissenschaft auf nationaler und internationaler Ebene zu verbessern. Die Zusammenarbeit zwischen ESCAPE und PUNCH4NFDI schafft die Voraussetzungen für die Entwicklung eines robusten nationalen und Cluster-Knotens innerhalb der European Open Science Cloud (EOSC). Lesen Sie mehr dazu: Letter of Intent signed (punch4nfdi.de)

Letter of Intent between the ESCAPE Open Collaboration and the PUNCH4NFDI Consortium

A Letter of Intent was signed between the ESCAPE Open Collaboration and the PUNCH4NFDI Consortium. This pivotal agreement marks a significant step forward in our collective mission to enhance scientific data management and open science at both national and international levels. The collaboration between ESCAPE and PUNCH4NFDI sets the stage for the development of a robust national and cluster node within the European Open Science Cloud (EOSC). Read more: Letter of Intent signed (punch4nfdi.de)

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Publikationen, Services & Infoangeote / Publications, services & info offers

Neue Vorlage für Datenmanagementpläne veröffentlicht
NFDI4Microbiota hat eine neue Vorlage für Datenmanagementpläne (DMP) veröffentlicht, die speziell für Forschende entwickelt wurde, die mit mikrobiologischen Daten arbeiten. Die „NFDI4Microbiota Edition“ erleichtert den Datenmanagementprozess, indem sie die Nutzer durch eine Reihe einfacher Fragen führt. Nach Abschluss steht ein vollständiger DMP zur Verfügung. Feedback zur Vorlage kann an contact@nfdi4microbiota.de gesendet werden.

New Data Management Plan Template Published
NFDI4Microbiota has released a new “NFDI4Microbiota Edition” Data Management Plan (DMP) Template designed specifically for researchers working with microbiological data. The template simplifies the data management process by guiding users through a series of straightforward questions. Once completed, the template helps produce a comprehensive DMP. Feedback on the template is welcomed and can be shared via contact@nfdi4microbiota.de.

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NOMAD CAMELS Videokampagne auf LinkedIn

Im September 2024 startete FAIRmat eine Videokampagne auf LinkedIn, um NOMAD CAMELS, das neueste Mitglied der NOMAD Familie, vorzustellen. Die Kampagne präsentierte die Funktionalität von NOMAD CAMELS, das Team hinter der Entwicklung sowie deren Vision und Motivation. Außerdem wurde gezeigt, wie NOMAD CAMELS bereits in verschiedenen Forschungsgruppen die Erfassung von FAIRen Forschungsdaten ermöglicht. Um die gesamte Videoreihe zu sehen, folgen Sie uns auf LinkedIn oder besuchen Sie unseren YouTube Kanal.

NOMAD CAMELS Video Campaign on LinkedIn

In September 2024, FAIRmat launched a video campaign on LinkedIn introducing NOMAD CAMELS, the newest member of the NOMAD family. The campaign showcased NOMAD CAMELS’s functionality, the team behind its development, and their vision and motivation. It also demonstrated how NOMAD CAMELS is already enabling the collection of FAIR research data in different laboratories. To watch the full video, please follow us on LinkedIn or visit our YouTube Channel.

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 Zehnte Ausgabe des MaRDI Newsletters: Das Vier-Farben-Theorem

Das Vier-Farben-Theorem war das erste große Theorem der reinen Mathematik, dessen Beweis unbedingt die Hilfe eines Computers erforderte. Die Geschichte seiner Entwicklung, die Reaktionen, die es auslöste, und die langfristigen Auswirkungen verdeutlichen die zunehmende Bedeutung von Forschungsdaten in der modernen Mathematik. Dieser Hauptartikel des Newsletters wird flankiert vom Data Date Interview mit Yves Bertot, einem Informatiker, der das offizielle GitHub-Repository für die Coq-Implementierung des Theorems pflegt. Der Newsletter enthält außerdem Workshop-Berichte, Veranstaltungshinweise und Literaturempfehlungen.

Lesen und abonnieren Sie den Newsletter hier.

10th issue of the MaRDI newsletter: The Four-Color Theorem

The four-color theorem was the first major theorem in pure mathematics, whose proof relied on the use of a computer. Its development, the reactions it generated, and its long-term impact highlight the increasing relevance of a research data perspective in modern mathematics. In the main article of the newsletter, you can explore this topic further, and in our Data Date interview you meet Yves Bertot, a computer scientist who maintains the official GitHub repository for the Coq implementation of the theorem. The newsletter also includes workshop reports, event tips, and a recommended reading section.

Read and subscribe to the newsletter here.

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Zotero4NFDI: Kooperation von NFDI4Ing und Text+

Im Text+ Office werden regelmäßig Python-Skripte entwickelt, um verschiedene Tätigkeiten zu automatisieren. Diese umfassen beispielsweise das Auslesen von Inhalten aus Tabellen und Datenbanken oder die Auswertung von Nutzungsdaten der Social-Media-Kanäle. Ähnliche Ansätze werden auch im NFDI-Konsortium NFDI4Ing verfolgt.

Da es eine Vielzahl von Skripten gibt, die in beiden Konsortien entwickelt und genutzt werden, liegt es nahe, dass auch andere NFDI-Konsortien von der Nutzung dieser Skripte profitieren könnten. Vor diesem Hintergrund planen Text+ und NFDI4Ing die gemeinsame Veröffentlichung ihrer Skripte in Form von Umbrella-Publikationen.

Als erste Veröffentlichung wurden Skripte zum Auslesen einzelner oder aller Publikationen aus einer Zotero-Bibliothek hochgeladen, da beide Konsortien die Metadaten ihrer Publikationen systematisch in eigenen Zotero-Bibliographien speichern. Die Veröffentlichungen von Text+ sind unter https://zenodo.org/records/12605448 (DOI: 10.5281/zenodo.12605448) und die der NFDI4Ing unter https://zenodo.org/records/12680673 (DOI: 10.5281/zenodo.12680673) zu finden. Alle Skripte stehen unter der Lizenz CC BY 4.0 und die Nachnutzung wird ausdrücklich begrüßt.

Weitere gemeinsame Publikationen sind für die Zukunft geplant.

Zotero4NFDI: Cooperation between NFDI4Ing and Text+

Python-based scripts are regularly developed in the Text+ Office to automate various activities. These include, for example, reading content from multiple tables and databases or evaluating usage data from social media channels. Similar approaches are also followed in the NFDI consortium NFDI4Ing.

As there are a large number of scripts that are developed and used in both consortia, it is likely that other NFDI consortia could also benefit from the use of these scripts. With this in mind, Text+ and NFDI4Ing plan to jointly publish their scripts.

As a first publication, scripts for reading individual or all publications from a Zotero library have been uploaded, as both consortia systematically store the metadata of their publications in their own Zotero bibliographies. The publications of Text+ can be found at https://zenodo.org/records/12605448 (DOI: 10.5281/zenodo.12605448) and those of NFDI4Ing at https://zenodo.org/records/12680673 (DOI: 10.5281/zenodo.12680673). All scripts are licensed under CC BY 4.0 and reuse is expressly welcomed.

Further joint publications are planned for the future.

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Eventpremieren & Nachberichte / Event premieres and reports

NFDI4Health startet Webinar-Reihe Meet-the-Data @Gesundheitsforschung
NFDI4Health und BIH QUEST laden ein! Führende Forschungsinstitute präsentieren in sechs Terminen den Zugang zu ihren Datensätzen aus der Gesundheitsforschung. Der Start ist am 9. Oktober 2024 (16:00–16:45, online) mit der BeLOVE-Studie der Charité. Das Format basiert auf der Reihe Meet-the-Data @Bildungsforschung von KonsortSWD. Weitere Informationen und Registrierung

NFDI4Health launches webinar series Meet-the-Data @Gesundheitsforschung

NFDI4Health and BIH QUEST invite you! Leading research institutions will present access to their datasets from health research in six sessions. The kick-off is on 9 October 2024 (4:00–4:45 PM, online) with the BeLOVE study from Charité. The format is based on the series Meet-the-Data @Bildungsforschung by KonsortSWD. Further information and registration

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Fokus auf Bildgebung und Mikroskopiedaten-Management beim Compact Symposium der Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie

Am 26. und 27. September fand in Frankfurt das Compact Symposium der Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie (GBM) statt. Die Veranstaltung bot ein spannendes Programm, das aus Kurzvorträgen von Nachwuchswissenschaftler:innen, Posterpräsentationen und Keynote-Vorträgen führender Wissenschaftler:innen bestand, die bahnbrechende Bildgebungsverfahren für die biologische Forschung entwickeln und anwenden.

Auf Einladung der GBM hat das Konsortium NFDI4BIOIMAGE gemeinsam mit dem Projekt I3D:bio (Information Infrastructure for BioImage Data) zwei Workshops angeboten. Der erste Workshop behandelte das Forschungsdatenmanagement im Bereich der biologischen Bildgebung und stellte Werkzeuge für die praktische Umsetzung vor. Der zweite Workshop gab wertvolle Tipps zur Auswahl der passenden Mikroskopie-Methode für spezifische Forschungsfragen. Während der gesamten Veranstaltung hatten die Teilnehmer:innen die Möglichkeit, sich am Informationsstand von NFDI4BIOIMAGE mit den Data Stewards über ihre individuellen Fragen und Bedürfnisse im Forschungsdatenmanagement auszutauschen.

Für NFDI4BIOIMAGE ist der kontinuierliche, enge Austausch mit der wissenschaftlichen Gemeinschaft von großer Bedeutung. So können neue Tools und Best Practices zielgerichtet entwickelt werden, um das Forschungsdatenmanagement im Bereich der biologischen Bildgebung effektiv voranzutreiben. Weitere Informationen finden Sie unter https://nfdi4bioimage.de.

Focus on Imaging and Microscopy Data Management at the Compact Symposium of the Society for Biochemistry and Molecular Biology

On September 26-27, the Compact Symposium of the Society for Biochemistry and Molecular Biology (GBM) took place in Frankfurt. The event offered an exciting program that included short talks by early-career scientists, poster presentations, and keynote lectures by leading scientists who are developing and applying groundbreaking imaging techniques for biological research.

At the invitation of the GBM, the NFDI4BIOIMAGE consortium, together with the I3D:bio

(Information Infrastructure for BioImage Data) project, organized two workshops. The first workshop focused on research data management in the field of biological imaging and presented tools for practical implementation. The second workshop provided valuable tips on how to choose the right microscopy method for specific research questions. Throughout the event, participants had the opportunity to exchange with the NFDI4BIOIMAGE data stewards at the information booth and discuss their individual questions and needs related to research data management.

For NFDI4BIOIMAGE, continuous and close interaction with the scientific community is of great importance. It is essential to effectively develop new tools and best practices that specifically advance research data management in biological imaging.
Find more information on https://nfdi4bioimage.de

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NFDI4BIOIMAGE Teilprojekt zu VDI beim 10. bwHPC Symposium vorgestellt

Das Teilprojekt zur Virtual Desktop Infrastructure (VDI), das darauf abzielt, den Fernzugriff auf vollständige Desktop-Umgebungen für Datenanalyse und Visualisierung großer Datensätze zu ermöglichen, wurde beim 10. bwHPC Symposium (High-Performance Computing Baden-Württemberg) am 25. und 26. September in Freiburg vorgestellt (https://indico.scc.kit.edu/event/3981/). Das Team präsentierte zwei Poster: Eines stellte die allgemeine Architektur des vorgeschlagenen Fernzugriff-Gateways vor, und das andere erläuterte die Prozesse zur Framebuffer-Erfassung, Kodierung und SPICE-Übertragung. Zusätzlich wurde ein Lightning Talk zu den Anforderungen für die Langzeitplanung in OpenStack in verschiedenen VDI-Anwendungsfällen gehalten.

Zudem präsentierte das Team einen funktionsfähigen Prototyp des Zugangsgateways, der den effektiven Fernzugriff auf Cloud-basierte virtuelle Maschinen (VMs) mit 3D-Rendering-Fähigkeiten demonstriert. Diese Ergebnisse stellen einen wichtigen Fortschritt in der Entwicklung von Open-Source-Lösungen für Virtual Desktop Infrastructures dar.
Weitere Informationen finden Sie unter https://nfdi4bioimage.de.

NFDI4BIOIMAGE subproject on VDI showcased at the 10th bwHPC Symposium

The Virtual Desktop Infrastructure (VDI) subproject, aimed at enabling remote access to complete desktop environments for data analysis and visualization near large data sets, was showcased at the 10th bwHPC Symposium (High-Performance Computing Baden-Württemberg), held on September 25-26 in Freiburg (https://indico.scc.kit.edu/event/3981/). The team presented two posters: one outlining the general architecture of the proposed remote access gateway and another detailing the processes of framebuffer capture, encoding, and SPICE transport. Additionally, a lightning talk was delivered on the requirements for long-term scheduling in OpenStack across various VDI use cases.

The team also demonstrated a functional prototype of the access gateway, highlighting its effective remote access to cloud-hosted virtual machines (VMs) with 3D rendering capabilities. These results render an important step forward in the development of open-source solutions for Virtual Desktop Infrastructures.
Find more information on https://nfdi4bioimage.de

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Vernetzung der FDM-Helpdesks: Neue Übersichtsseite und Kick-Off am 7. November

Die FDM-Helpdesks der NFDI-Konsortien unterstützen Forschende und lokale FDM-Servicestellen bei Fragen zum Forschungsdatenmanagement. Die Arbeitsgruppe FDM-Helpdesk Netzwerk hat eine Übersicht über die bereits aktiven NFDI-Helpdesks erstellt. Am 7. November von 10:00 bis 11:00 Uhr wird die AG in einem Kick-Off über ihre Ziele, Aktivitäten und Pläne informieren sowie Möglichkeiten zur Beteiligung vorstellen: Zugangsdaten zum Kick-Off

Connecting the RDM Helpdesks: New overview page and kick-off on 7 November
The RDM helpdesks of the NFDI consortia support researchers and local RDM service centres with questions regarding research data management. The working group RDM Helpdesk Network has created an overview of the already active NFDI helpdesks. On 7 November, 10:00-11:00 a.m., the working group will offer a kick-off event to inform about its goals, activities and plans, and present opportunities for participation: Access to the kick-off

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NFDI beim Open Science Festival in Mainz

Unter dem Motto Meet, Share, Inspire, Care fand das 3. Open Science Festival am 17. Und 18. September in Mainz statt. NFDI, mehrere Konsortien und unser Projekt FAIR Data Spaces waren mit einem gemeinsamen Stand und Postern vertreten. Außerdem gab es zwei inspirierende Ignite Talks mit NFDI-Bezug: „The daily challenges while working in the Digital Humanities / Computational Archaeology domain“ (Florian Thiery, NFDI4Objects) und „The FAIRytale of Base4NFDI“ (Antje Manske, Base4NFDI). Die beiden Tage boten viele Gelegenheiten zur Vernetzung und zeigten welche Chancen ein Kulturwandel hin zu FAIRen Daten und Open Science bietet.

NFDI at the Open Science Festival in Mainz

The 3rd Open Science Festival took place in Mainz on 17 and 18 September under the motto Meet, Share, Inspire, Care. NFDI, several consortia and our project FAIR Data Spaces were represented with a joint booth and posters. There were also two inspiring NFDI-related Ignite Talks: ‘The daily challenges while working in the Digital Humanities / Computational Archaeology domain’ (Florian Thiery, NFDI4Objects) and ‘The FAIRytale of Base4NFDI’ (Antje Manske, Base4NFDI). The two days offered many opportunities for networking and demonstrated the opportunities offered by a cultural shift towards FAIR data and Open Science.

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